Начиная новый проект в PhpStorm (при работе с Git) необходимо создать в корне проекта файл .gitignore, в который внести директорию .idea (служебная директория PhpStorm). Тем самым мы исключаем .idea из отслеживаемых Гитом файлов и он не попадает в репозиторий.

Создать файл .gitignore можно руками или же с помощью плагина для PhpStorm.

Add gitignore 
# phpstorm project files
.idea

Если директория .idea всё же попала в репозиторий Git, её оттуда можно удалить.

Шаг 1

# Создать файл .gitignore в корне если его ещё нет (touch в Linux)
touch .gitignore

# Добавить папку .idea в игнор-лист Гита (или руками - см. выше)
echo ".idea" > .gitignore

Шаг 2

# Удалить все проиндексированные файлы
git rm -r -f --cached .

# Запустить индексацию заново
git add .

Или же можно так:

# Удалить из стейджинга только папку .idea
git rm -r --cached .idea

# Добавить файл .gitignore в Гит
git add .gitignore

Шаг 3

# Добавляем коммит и пушим
git commit -m "Deleted folder idea from git"
git push -u origin master